Paroki yang sekarang dikenal sebagai Paroki Kebon Dalem pada awalnya merupakan bagian dari wilayah Paroki Gedangan. Sebagian besar umat adalah suku Tionghoa, dan tinggal di daerah pecinan. Sebagian kecil suku Jawa atau yang lain. Gereja Kebon Dalem sendiri terletak di daerah pecinan, di jalan Gg. Pinggir. Romo Beekman SJ mengawali sejarah berdirinya Gereja Santo Fransiskus Xaverius Kebon Dalem. Dalam catatan Sejarah Gereja Kebon Dalem yang ditulis dalam buku 50 tahun "St. Fransiskus Xaverius" Kebon Dalem Semarang diceritakan sebagai berikut.
"Suatu hari di tahun 1935, Pastor Simon Beekman SJ, dan Pastor Minderop SJ, pastor kepala Gedangan, bersama-sama berdiri di tangga marmer depan gedung yang saat ini kita kenaI sebagai gereja Kebon Dalem. Pastor Minderop mengatakan "Engkau mencari sebuah gereja, inilah dia, tempat di mana kita berdiri saat ini. Di kiri-kananmu, itulah sekolah. Rumah yatim piatu di seberang sana, dan rumah suster-suster, itu gedung besar disebelahnya ..... "
Pastor Beekman sejak awal mula ingin berdiam di tengah-tengah perkampungan orang-orang Tionghoa, agar Misi lebih dikenal dan dihargai. Dan setelah sekian tahun Pastor Beekman mencari-cari dan berpikir tentang hal tersebut, akhirnya ia mendapatkannya. Pastor Beekman sangat tertarik kepada Kebon Dalem, suatu kompleks bangunan besar yang indah, bercorak arsitektur dan penuh ornamen Tiongkok kuno.
Bangunan-bangunan besar yang sudah tua itu memiliki nilai-nilai sejarah. Gedung gereja itu dulu merupakan rumah abu dan pernah menjadi pusat hiburan orang-orang Tionghoa pada pertengahan abad ke 19. Gedung susteran, gedung-gedung sekolah dan sebagian kini telah menjadi lapangan tenis itu adalah bekas gedung kediaman Mayor Be Biauw Tjwan. Gedung tersebut dahulu sering dipakai sebagai pemberhentian pertama (bahasa Jawa: jujugan) oleh para utusan raja-raja Tiongkok bila berkunjung ke Indonesia.
Sejak tahun 1895 di Kebon Dalem itu sudah ada seorang penghuni yang te1ah beragama katolik: Clara Maria Be Kiem Nio, puteri Tuan Be Ing Tjoe. Kepadanyalah beberapa kali Pastor Beekman minta agar diperbolehkan menyewa serambi muka rumah abu yang berada di dalam kompleks itu untuk mendirikan sekolah. Tetapi permintaan itu selalu ditolaknya sambil tersenyum.
Bangunan-bangunan tersebut menjadi tak terpelihara, bahkan ada hipotik sebesar fl. 30.000,-.. Pemiliknya tidak mampu membayar, karenanya gedung itu akan dilelang. Makelar Firman "Lebert" menawarkan kepada Pastor Beekman. Ketika Superior Misi mendapatkan laporan tentang tawaran ini, beliau menyetujuinya. Kesulitan pertama datang dari penghuni. rumah tertua yang tidak mau mengakui hipotik itu. Diajukanlah masalahnya ke Sidang Pengadilan dengan pembela dari empat kantor pengacara, pro dan kontra. Kira-kira setahun kemudian, diperoleh berita, bahwa hipotik diakui sah oleh Pengadilan. Tetapi penghuni tertua naik banding. Dan sekali lagi, hipotik diakuisah.
Akhimya, pelelanganpun terjadilah. 28 Nopember 1936, Sabtu yang penuh ketegangan. Dukungan doa datang dari mana-mana, bahkan dari Jakarta dan Surabaya. Persoalannya ialah, batas kemampuan yang ada hanyalah fl. 32.000,- sedangkan "lawan-lawan" memiliki kekayaan jauh lebih besar, dan dengan mudah mereka dapat membayar fl. 100.000, - Dan faktor lain, Kebon Dalem merupakan rumah abu, apakah mereka rela melepaskannya kepada orang asing? Tidakjauh dari Rumah Lelang di stasiun Poncol, Pastor Beekman dan lainnya menanti sambil berdoa .
Sementara itu dalam pelelangan, salah seorang pembantunya bertanya: "Adakah yang tahu, berapa banyak pajak yang belum dibayar?" Semuanya diam, menimbang dan. menaksir. Dan pengacara memanfaatkan kesempatan ini. Tawaran di lanjutkan: 31.000,- menjadi 31.500.-. Dan ..... tiada lagi! Tiga kali pukulan palu menghentaki meja. Pintu terbuka, sekelompok orang keluar. Tuan Goh Boen Toh menghampiri Pastor Beekman yang tengah menanti. Ucapannya sederhana: "You got it, Father! Congratulations!" ( 50 tahun "St. Fransiskus Xaverius" Kebon Dalem Semarang hal.13 - 14 ).
Inilah awal Tuhan menganugerahkan umat Kebon Dalem tempat untuk berdoa dan merayakan misa, Rumah Abu. Setelah dibenahi, direnovasi dan dilengkapi dengan alat-alat ibadat, maka pada tanggal 16 Desember 1937, diberkatilah Rumah Abu itu sebagai Gereja Kebon Dalem dengan nama Pelindung St. Franciscus Xaverius oleh Mgr. PJ. Willekens dibantu pastor L. Zwaans yang menjadi pejabat Pastor Kepala Kebon Dalem berhubung Pastor Beekman cuti ke Eropa. (50 tahun "St.Franciscus Xaverius" Kebon Dalem Semarang hal. 14).
Pada tanggal 22 Januari 1938, sekelompok suster dari Konggregasi Penyelenggaraan Ilahi yang terdiri dari delapan orang untuk pertama kalinya datang ke Semarang. Selanjutnya karya kerasulan di Kebon Dalem makin-berkembang pada tanggal1 Januari 1956 menjadi paroki sendiri, melepaskan diri dari Paroki Gedangan.
Tanggal 15 Juli 1959, pimpinan paroki diserahkan oleh pastor Simon Beekman kepada seorang pastor tenaga muda yakni Pastor F.X. Khoe Swie Ging, SJ. Pada tanggal 1 Juli 1968, Pastor F.X. Oei Gien Hauw (FX. Haryono, Pr) menggantikan Pastor F.X. Khoe Swie Ging yang pindah ke Jakarta.
Pada tanggal19 Januari 1978, Tuhan memanggil putra-Nya, Pastor F.X. Oei Gien Hauw, Pr dari tengah umat yang mencintainya. Pastor Rochus Chang Peng Tu, Pr. diangkat sebagai pejabat pastor kepala paroki. Pada tanggal 1 Januari 1979 diangkat sebagai pastor kepala paroki Pastor G. Notobudyo, Pr. Selanjutnya diganti oleh Pastor St. Suhartono dan berikutnya berturut-turut Pastor H. Nata Susilo Pr, Pastor YM Hardjoyo Pr, Pastor Y. Pujasumarta, Pastor F.X. Krisno Handoyo Pr, dan selanjutnya Pastor F.X. Murdisusanto Pr sejak bulan Agustus 2002 sampai sekarang
